军事法院认定谷俊山犯贪污罪、受贿罪、挪用公款罪、行贿罪、滥用职权罪，数罪并罚，决定执行死刑，缓期二年执行，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产，赃款赃物予以追缴，剥夺中将军衔。
对于减轻判决的理由，军事法院认定：〝鉴于谷俊山归案后揭发他人犯罪行为，经查证属实，具有重大立功表现，且赃款赃物已全部追缴，具有法定、酌定从宽处罚情节〞。但这样解释并不能让外界信服。
外媒博文社报导，有资深法律专家称，中共司法系统内部的规定是，对影响不大的案件，如果有立功的表现，应当考虑减轻处罚；但是，对于重大的案件，立功不立功已经不是限制重判的条件，司法实践中由〝应当考虑〞变成〝可以考虑〞，甚至〝不予考虑〞是否予以其减轻判决。前河北省委书记程维高的秘书，河北省委办公厅副主任李真的重判就是典型的一例，尽管李真有大量的检举揭发甚至还帮助破了一起命案。
军事法院一审判决意见是执行死刑，以儆效尤。按照大案要案处理惯例，军事法院将案件处理意见报送中央军委，但军委主席习近平并未批复。而在中央政治局常委会上，有常委就谷俊山案的处理提出意见：认为早在10年前中央就己提出，对经济犯罪能不杀者不杀，能少杀则才杀，以回应西方指责我国滥用死刑的问题。
同时，考虑到军队反腐刚开始，谷俊山在总后曾经手握重大经济权力，许多有既得利益的将领与他的关系错综复杂，杀了谷俊山不但不能儆百，反而可能适得其反，因为谷俊山的其他羽翼可能认为新领导人接班以后逃不过一死，由此铤而走险，酿成事件。
报导称，该常委此言虽令其他常委惊讶，欲无人提出异议，最后习近平出乎意料表示同意，在死刑建议上不作批示。谷俊山由此捡了一命。对中央的意见军事法院感意外，只能组织重新审理，经过合议庭合议以及审判委员会的重新讨论，因此本案在审理期限一超再超。
此外，不判谷俊山死刑还有一个重大原因，据评论人士郑经纬表示，谷俊山掌控的总后勤部涉及活摘法轮功学员器官，这才是谷俊山涉嫌的最核心罪行，谷俊山与周永康、薄熙来一样，不能因贪腐而被灭口。同时，谷俊山等都将为这个罪行重新押上审判台，也是元凶江泽民的重要证人。该罪行早已引起国际社会的广泛关注。
〝追查迫害法轮功国际组织〞曾经公布了对原军方总后勤部卫生部部长白书忠就军队活体摘取法轮功学员器官做移植的调查报告。白书忠供认是江氏亲自批示摘取法轮功学员器官做移植。
据追查国际所掌握的情况，中共军队或武警是主要的参与活摘的单位，特别是军队的总后勤部所属的一些大的医院，是活体摘取器官的主要场所。所以军队总后勤部在这个犯罪活动中起重要角色，军队总后勤部所管辖的下面那些主要的大医院、军队的大医院参与了活体摘除法轮功学员器官，做为总后勤部副部长的谷俊山，肯定脱不了关系。
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